Sesuai dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, pada pasal 3 dinyatakan bahwa Pendidikan Nasional bertujuan untuk berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara demokratis serta bertangung jawab. Tujuan Pendidikan Dasar adalah meletakkan dasar kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. Selanjutnya diawali dengan menyusun Visi dan Misinya, SD Muhammadiyah 3 Denpasar merumuskan visi, misi, dan tujuan sekolah yang diuraikan sebagai berikut.

Visi SD Muhammadiyah 3 Denpasar adalah “Membentuk Generasi yang bertaqwa, Berakhlak Mulia, Unggul, Berprestasi, dan Berwawasan Global” Indikator Visi.

1. Terwujudnya peserta didik yang unggul dalam bidang akademik dan non akademik.
2. Terwujudnya komunitas belajar sepanjang hayat yaitu sekolah sebagai tempat saling belajar dan berkembang bagi guru sebagai ahli, peserta didik, serta orang tua dan masyarakat.
3. Terwujudnya pendidikan yang mengedepankan pembentukan profil pelajar Pancasila, yang memiliki enam dimensi utama yaitu:
   1. Beriman, bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, dan berakhlak mulia,
   2. Mandiri,
   3. Bernalar Kritis,
   4. Kreatif,
   5. Bergotong-royong, dan,
   6. Berkebinekaan global.
4. Terwujudnya pendidikan berwawasan global.
5. Terwujudnya pendidikan yang mengembangkan keterampilan abad 21.

Untuk mencapai visi sekolah, maka misi SD Muhammadiyah 3 Denpasar adalah sebagai berikut

1. Mengokohkan aqidah dan akhlak mulia melalui pembelajaran al-Qur’an dan penguatan karakter SMART: Semangat (Semangat Religius, Semangat Gotong Royong, Semangat Nasionalis), Mandiri, Amanah, Rajin, dan Trampil.
2. Mengoptimalkan kegiatan belajar mengajar yang terintergrasi pada bidang agama Islam.
3. Menguatkan karakter siswa dengan keteladanan dan pembiasaan,
4. Melaksanakan kegiatan-kegiatan sekolah yang dapat menguatkan karakter siswa,
5. Mewujudkan lulusan yang unggul dalam bidang akademik dan non akademik.
   1. Menentukan kriteria ketuntasan belajar peserta didik.
   2. Menentukan kriteria lulusan terutama pada ujian sekolah untuk semua mata pelajaran.
   3. Mengikutsertakan peserta didik untuk kegiatan lomba minimal tingkat kecamatan hingga sampai tingkat internasional.
6. Mewujudkan pendidikan yang mengedepankan pembentukan komunitas belajar sepanjang hayat yaitu guru, peserta didik dan orang tua saling belajar sepanjang hidupnya.
   1. Membuka ruang kelas (open class) untuk guru lain bisa saling melihat dan belajar proses pembelajaran di kelas.
   2. Mengaktifkan kegiatan KKG sekolah untuk forum diskusi dalam merencanakan pembelajaran, melaksanakan pembelajaran, dan penilaian
   3. Mengikuti pendidikan dan atau pelatihan yang relevan dengan mata pelajaran yang diampu untuk dapat meningkatkan kualitas pengetahuan, keterampilan, dan wawasan guru agar lebih profesional.
   4. Memfasilitasi kegiatan ekstrakurikuler pilihan berdasarkan minat dan potensi peserta didik dalam segala bidang, misalnya studi club seperti: club robotik, club memanah, club kreativitas siswa, club ajang prestasi siswa, dll.
   5. Melakukan sosialisasi kepada komunitas orang tua terkait dengan pola/strategi pendampingan belajar online (belajar dari rumah) pada masa pandemi untuk putra dan putrinya.
7. Mewujudkan pendidikan yang mengedepankan pembentukan profil pelajar Pancasila
   1. Melaksanakan proyek profil pelajar pancasila untuk seluruh peserta didik.
   2. Mengintegrasikan nilai profil pelajar pancasila dalam perencanaan pembelajaran, pelaksanaan pembelajaran, dan penilaian.
   3. Mengintegrasikan nilai profil pelajar pancasila dalam kegiatan pembiasaan rutin sekolah dan budaya sekolah.
8. Mewujudkan pendidikan yang menjamin hak belajar bagi setiap peserta didik
   1. Memfasilitasi pembelajaran bagi peserta didik berkebutuhan khusus.
   2. Memfasilitasi pembelajaran dengan mengedepankan persamaan hak.
   3. “Caring” (peduli) dalam proses pembelajaran, dimana setiap peserta didik saling bantu dan dibantu.
9. Mewujudkan pendidikan menggunakan pendekatan atau model yang beragam
   1. Melakukan kegiatan belajar mengajar dengan menggunakan model yang beragam.
   2. Melakukan pembiasaan bagi peserta didik untuk melaksanakan tugas dalam bentuk proyek.
10. Mewujudkan pendidikan mengembangkan keterampilan abad 21
    1. Melakukan kegiatan belajar mengajar mengembangkan sikap kritis, kreatif, kolaboratif, komunikatif .
    2. Melakukan kegiatan belajar mengajar dengan mengintegrasikan literasi dan numerasi.
    3. Melakukan kegiatan belajar mengajar dengan menumbuhkan pendidikan karakter.

Tujuan pendidikan pada SD Muhammadiyah 3 Denpasar adalah langkah untuk mewujudkan visi sekolah dalam jangka waktu tertentu. Pada tahun pelajaran 2022/2023 SD Muhammadiyah 3 Denpasar mencanangkan tujuan pendidikan yang diharapkan yaitu:

1. Tujuan Jangka Pendek (1 tahun)
   1. Tercapainya prestasi dibidang akademik maupun non akademik serta, menghasilkan lulusan yang memiliki bekal kecakapan dan ketrampilan sesuai bakat dan minatnya,
   2. erselenggaranya program pengenalan dan pengembangan bakat, minat, dan kepribadian peserîa didik sejak dini,
   3. Terciptanya proses pembelajaran dengan pendekatan pembelajaran yang berpusat pada siswa (student centered learning), melalui pendekatan CTL,
   4. Terciptanya jiwa cinta tanah air dan bangsa ditunjukkan dengan kebanggaan atas budaya bangsa dengan melestarikan budaya daerah melalui Mulok Bahasa Daerah Bali, Budi Pekerti, dan dikembangkan dalam berbagai kegiatan pengembangan diri,
   5. Terciptanya kebersamann dan gotong royong yang dilandasi nilai-nilai budaya Bangsa,
   6. Mengembangkan nilai-nilai karakter bangsa melalui berbagai kegiatan sekolah,
   7. Mengoptimalkan program perbaikan dan pengayaan
2. Tujuan Jangka Menengah (2-3 tahun)
   1. Tersedianya fasilitas dan sumber belajar yang beragam dan memadai untuk mendukung terselenggaranya proses pembelajaran,
   2. Memiliki tim kesenian yang berprestasi pada tingkat kota/kabupaten,
   3. Terwujudnya kegiatan ekstrakurikuler yang berwawasan keunggulan budaya local,
   4. Terwujudnya proses pembelajaran berwawasan global berbasis Pendidikan budaya dan karakter bangsa.
3. Tujuan Jangka Panjang (4 tahun)
   1. Mewujudkan kualitas keimanan dan ketaqwaan serta akhlaq mulia
   2. Menghasilkan kader yang unggul, baik sebagai kader bangsa, kader umat, juga sebagai kader persyarikatan
   3. Terciptanya jiwa tanah air dan bangsa ditunjukkan dengan kebanggaan atas keagungan budaya bangsa dengan melestarikan budaya daerah melalui mulok, Bahasa Bali, Budi Perkerti, Bahasa Inggris, Bahasa Arab dan dikembangkan dalam berbagai kegiatan pengembangan diri,
   4. Terwujudnya proses pembelajaran berwawasan global berbasis Pendidikan budaya dan karakter bangsa menuju akhlakul karimah